郑文翰在1959年9月11日于北京中南海西花厅，完成了与彭德怀工作的最后一次交接。庐山会议刚刚结束，军委办公厅根据新的安排对秘书人员进行了调整，郑文翰被调离，离开了和他一起工作了四年的彭德怀。那天傍晚，秋风渐凉，郑文翰严肃地向彭德怀敬礼，告别时说：“彭总，我们要走了。”彭德怀则摘下军帽，沉默片刻，仅用一句“任务完结，保重”回应。虽然话不多，却展现了他一贯的性格；面对难以言表的情感，他往往选择沉默。郑文翰事后回忆，令他感到不舍的并非职位的变化，而是在送他到门口之后，彭德怀便默默转身离开了。

郑文翰的秘书之路并非一帆风顺。早在1951年，他随中国人民志愿军第47军第139师赴朝作战，负责机场的抢修与后方保障。战场上，任务明确，随时需要补给、修复和人力调动，丝毫马虎不得。他曾经历过频繁的战斗与修复，白天挖土、晚上填石，尽管艰辛，他将一切细致记录在日记里，内容包括工程进度、人员伤亡、物资消耗等，而非浮夸口号。在他看来，后方工作的每一刻都与前线同样重要。

1955年2月，郑文翰回国后被安排到彭德怀的办公室工作。接到彭德怀的召唤，他心中略感紧张，因为在战场和秘书工作之间存在着巨大差异。首次见面时，彭德怀没有长篇大论，而是简单地说：“先看文件，弄懂再说。”虽然看似平常，却明确了郑文翰的职责：作为秘书，不能只会记录，还要理解背后的政策和实际情况。

秘书的日常工作包括起草电报、整理简报以及汇总基层的来信。在处理复杂的问题时，彭德怀也不满足于表面现象。例如，有一次郑文翰在研究关于苏军训练制度的资料，感到头疼。彭德怀只提醒了一句：“多问为什么。”这一指导成为郑文翰后来的工作方法，强调在制定制度时要结合自身条件，不能照搬他人的经验。

在调查华北和华中的过程中，彭德怀基层实地考察，郑文翰负责通知工作。但当有地方干部在车站迎接时，彭德怀当场发问，强调不应将现场氛围与严格请求混淆。他要求在火车上与郑文翰一同坐硬座，说明干部要与部队保持紧密联系，透视出他对作风的警觉。他的调查不仅限于仓库，还关注泥土卫生与隐蔽性，迫使下属关注细节以提升整体战备水平。

在生活中，彭德怀同样坚持公私分明，拒绝接受土特产，并对已经接受的物品进行书面说明，显示出他的原则与信念。业余时间，彭德怀喜欢下象棋，尽管郑文翰棋艺一般，但在这种轻松氛围中，他感受到彭德怀严厉外表下另一面的和蔼。

在庐山会议之后，秘书组的气氛发生了改变，郑文翰被调往萧华办公室，继续负责文件和报告等工作。这一转变并未打断他的职业发展，而是使他进入了更为复杂的军事研究领域。在三线建设时期，他白天走访军队和工厂，夜晚整理资料，常常通宵达旦。他在秘书岗位上训练出来的文字能力和判断意识，逐渐提升为研究工作的基础。

1975年，他进入军事科学院，职责从单一的秘书延伸到更广泛的军队建设和军事训练研究。他主持干部轮训，重视战例分析，并将新技术与现代战争条件融入课程中。1982年底，他担任军事科学院副院长，1985年升任院长，并在1988年获得中将军衔。有人称他是“以笔兴将”，而他认为，秘书同样是军队的一部分，只是所用的武器不同。

离休后，郑文翰整理了多年的工作笔记，出版了关于解放战争、抗美援朝及彭德怀经历的书籍。这些文字简明扼要，尽量保持真实。在1998年，他前往湖南参加彭德怀的研究活动，回忆起那段共事的岁月时，只轻声说了句：“他永远是我的长辈。”随后，郑文翰的话便未再继续。2006年1月8日清晨，郑文翰因心脏病在北京去世，享年87岁。临终前，他在旧日记的扉页上书下“勤学慎思，笔在人先”的字句，成为后世对他职业生涯的绝佳注解。